میکروبیولوژی پزشکی شاخه‌ای از میکروبیولوژی و پزشکی است که به مطالعه میکروارگانیسم‌هایی که در پزشکی اهمیت دارند و قادر به ایجاد بیماری‌های عفونی در انسان هستند، می‌پردازد. میکروبیولوژی پزشکی شامل مطالعه بیماری‌زایی و اپیدمیولوژی میکروبی و مرتبط با مطالعه پاتولوژی و ایمونولوژی بیماری‌ها است.
این شاخه از میکروبیولوژی از شاخه‌هایی است که به طور گسترده مورد مطالعه قرار گرفته و به دلیل اهمیت فراوان آن در پزشکی، به چند شاخه تقسیم شده است.
همراه با ارائه دانش و درک عمیق از ماهیت پاتوژن٬ این سیر مطالعه در چندین نوآوری ایمونولوژیکی در زمینه علوم پزشکی به کار گرفته شده است. به دلیل تلاش‌های دانشمندان و محققان در زمینه میکروبیولوژی پزشکی٬ از طریق توسعه واکسن در برابر ارگانیسم‌های مهاجم٬ بیماری‌های مرگبار و ناتوان کننده مثل آبله٬ فلج اطفال و سل٬ یا ریشه‌کن شده‌اند یا تا حد زیادی قابل درمان‌اند. میکروب‌ها مرتب در حال تکامل و تغییر هستند و هزاران نسل جدید را در هر سال تولید می‌کنند. به این ترتیب عدم تقارنی در تکامل بشر و انگل‌ها و میکروب‌های آن پدید می‌آید که تنها علاج آن تکامل دانش میکروبیولوژی پزشکی است.
